衢州市卫生局现有12个直属医疗卫生事业单位，局机关内设办公室、医政与基层卫生处 、疾控处 、卫生监督处（法制处）、规财处、食品安全协调监察处等五个职能处室 ，主要职责是:
（一）贯彻执行党和国家的卫生工作方针 、政策 、法律、法规 、技术标准 ，研究制订卫生改革与发展规划，起草卫生 、食品安全等政府规范性文件，推进医药卫生体制改革。
（二）负责组织实施国家基本药物制度 ，贯彻国家基本药物目录和相关政策；负责组织全市医疗卫生机构医疗器械的集中采购和监督管理 。
（三）负责食品安全综合协调 ，组织查处食品安全重大事故，建立并实施食品安全风险评估和预警制度 ，统一发布全市重大食品安全信息 。
（四）统筹规划、协调全市卫生资源配置 ，指导区域卫生规划的编制和实施。
（五）组织制定农村卫生和城市社区卫生服务发展规划和政策措施，指导并推进基层卫生服务体系建设。
（六）组织制定新型农村合作医疗政策制度 ，负责新型农村合作医疗的综合管理 。
（七）制定妇幼卫生发展规划和政策措施 ，负责妇幼保健的综合管理和监督，组织对开展生殖健康和计划生育技术服务的医疗保健机构进行监督 、管理和指导 。承担市区建成区范围内的妇幼卫生保健工作。
（八）负责疾病预防控制工作 ，制定并实施重大疾病防治规划与策略 ，执行国家免疫规划及政策措施，协调有关部门对重大疾病实施防控和干预 ，发布法定报告传染病疫情信息 。承担柯城区范围内的疾病防控工作 。
（九）组织拟订基本公共卫生服务均等化政策措施 ，制定并指导实施基本和重大公共卫生服务项目制度，协调推进基本公共卫生服务均等化工作，负责全市精神卫生工作。
（十）负责卫生应急工作 ，制定卫生应急预案和政策措施 ，负责突发公共卫生事件监测预警和风险评估，指导实施突发公共卫生事件预防控制与应急处置 ，发布突发公共卫生事件应急处置信息 。
（十一）组织制定中医药 、民族医药发展规划 ，并纳入卫生事业总体发展规划，负责中医药的继承、创新和中西医结合工作 ，统筹协调中西医发展 。
（十二）指导规范卫生行政执法工作 ，依法负责职业卫生的监督管理；按照职责分工负责放射卫生 、环境卫生和学校卫生的监督管理，负责公共场所和饮用水的卫生安全监督管理 ，负责传染病防治监督。承担市区建成区范围内的卫生监督工作 。
（十三）组织拟订公立医院改革政策措施 ，指导和监督公立医院建立科学的管理体制 、运行机制和监管机制，组织拟订社会资本参与医疗卫生事业发展政策措施 ，指导和监督民营医疗机构健康规范发展 。
（十四）负责医疗机构医疗服务的全行业监督管理 ，制定医疗机构医疗服务、技术 、医疗质量和采供血机构管理的政策 、规范、标准，实施医疗机构和从业人员执业许可制度，组织制定医疗卫生职业道德规范 ，建立医疗机构医疗服务评价和监督体系。承担市区建成区范围内医疗机构的监管工作 。
（十五）组织制定医药卫生科技发展规划 ，组织实施医药卫生科学研究，指导推进医学科技成果转化和推广应用 ，组织开展继续医学教育、全科医学教育和毕业后医学教育工作 。
（十六）指导卫生人才队伍建设工作 ，组织拟订卫生人才发展规划。
（十七）组织实施卫生方面的国际交流合作与卫生援外有关工作，开展与港澳台的卫生合作工作。
（十八）负责市保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作 ，负责重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作 。
（十九）负责管理市级卫生事业单位 。承担市公共卫生委员会 、爱国卫生运动委员会和国家卫生城市管理的具体工作。
（二十）严格执行党风廉政建设责任制 ，全面贯彻落实上级党委 、政府及纪检监察组织对反腐倡廉建设工作的决策和部署，负责本单位职责范围内的党风廉政建设工作及惩治和预防腐败体系建设工作 。
（二十一）承办市政府交办的其他事项 。